Les pharyngites/amygdalites sont en majorité causées par des virus. Lorsqu’une bactérie est en cause, il s’agit plus souvent du streptocoque Beta-Hémolytique du groupe A (streptococcus pyogenes) : il est responsable de 5 à 15% des infections de la gorge chez l’adulte et 20-30% chez les enfants.